En este artículo se propone un método eficiente de muestreo
conformacional de macromoléculas biológicas en las moléculas de agua
explícitas, llamado el método multicanonical mejorado de forma selectiva. Este
método aumenta la eficiencia de muestreo en el espacio de energía para las
interacciones soluto-soluto y soluto en agua utilizando el algoritmo
multicanonical, mientras que restringe el muestreo del espacio de energía de
agua-agua. Se aplicó el método actual y el método convencional multicanonical a
un y demostraron que se requiere mucho menos tiempo de cálculo para el método actual
que para el convencional.
Referencia:
A selectively enhanced multicanonical molecular dynamics method for conformational sampling of peptides in realistic water molecules
Nobuyuki Nakajima
Department of Bioinformatics, Biomolecular Engineering Research Institute (BERI), 6-2-3 Furuedai, Suita, Osaka 565, Japan
Received 23 January 1998; in final form 26 February 1998
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